Das Jahr 1323 ist das älteste Datum einer schriftlichen Überlieferung zu dieser Kirche. Eine christliche Gemeinde gab es jedoch schon etwa 300 Jahre vorher in Goch und Grabungen von 1950 und 1953 wiesen auch schon mindestens 2 Vorgänger der heutigen Kirche nach. Ursprünglich war die Kirche dem Stadtpatron St. Georg geweiht, 1324 erfolgte eine Umwidmung in St. Maria Magdalena und die Gemeinde verfügte über längere Zeit über 2 Patrone. Aus dem Jahr 1325 besitzt die Gemeinde ihre älteste Urkunde, einen Ablassbrief aus Avignon, der heute im städtischen Museum zu sehen ist. Wachstum, Wohlstand und auch Schicksalsschläge der Stadt spiegelten sich über die Jahrhunderte auch an diesem Gotteshaus wider.
Im Jahre 1625 zerstörten holländische Soldaten beim so genannten „Bildersturm“ die gesamte Inneneinrichtung und das Archiv der Kirche. Im 18. und 19. Jahrhundert wurden durch Blitzeinschläge und Brände große Schäden verursacht

und 1915 wurden Fenster und Fußboden durch eine Gasexplosion stark beschädigt. Im Zweiten Weltkrieg wurde die Kirche durch Bombardierung und Sprengungen teilweise zerstört. Großes Aufsehen, auch über die Grenzen Gochs hinaus, erregte der Einsturz des Kirchturms am 24. Mai 1993 und die damit verbundenen Zerstörungen.
Trotz all dieser Schicksalsschläge ließ sich die Gemeinde jedoch nie entmutigen, baute ihre Kirche immer wieder auf und schmückt sie bis heute mit alten und neuen Kunstwerken weiter aus. Im Jahre 2003 wurde der neue moderne Turm fertig gestellt und bietet nun wieder wie seit vielen Jahrhunderten aus allen Richtungen von weitem Orientierungshilfe.
Seit der Fusion im Mai 2005 ist die Kirche Pfarrkirche für die Stadtgemeinde St. Arnold Janssen mit ihren etwa 12.000 Gemeindemitgliedern. In ihrem Schatten befinden sich das Pfarrbüro und ein Pfarrheim der Gemeinde, zudem ist hier der Wohnsitz des Pfarrers.